男性阴茎短小的原因有包皮或者包茎过长，也可能是先天性遗传因素所致。如果包皮或包茎过长，就有可能影响到阴茎的正常发育，使患者出现阴茎短小症状，需要尽快到医院通过包皮环切手术来进行治疗。在做完手术后一定要注意私密处的卫生，尽量避免细菌感染。