胃蛋白酶原1偏低时多提示存在胃酸分泌减少或者胃粘膜萎缩，这时多存在着不同程度的慢性胃炎。还需要进一步行胃镜检查，以明确胃病灶的具体情况。必要时还需要进一步行组织活检以排除是否存在黏膜萎缩、肠上皮化生、不典型性增生、异型增生甚至癌变等。对于慢性萎缩性胃炎临床上可以考虑应用五肽胃泌素、多酶片来进行治疗，如果存在胆汁反流，还应当应用消胆胺来中和胆盐。如果已经出现癌变，还应当及时考虑进行手术，早期病变也可以考虑内镜粘膜下切除。