胃蛋白酶不会消化自己的原因是因为它本身是蛋白质，但在胃内具有很高的活性。蛋白酶的专一性不高，分解蛋白时，分解位点有不同，它们不是所有的蛋白都能彻底水解，而是水解蛋白的某些特异的位点，这些位点可能是含芳香环的，每种蛋白酶识别的都不一样。胃内只有胃蛋白酶，它的识别位点在他自身上是包埋的酶内部的，酶表面没有可以供他自身水解的位点，从而不会被消化。