1.咖啡灌肠可以用来清洁肠道。其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。2.咖啡因促进谷胱甘肽酶的分泌，后者为肝脏解毒和消除自由基最重要的酵素。咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。3.咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能会使痔疮恶化。因此，直肠有出血性伤口的人也不适合。若体力不好、身体虚弱的人，进行灌肠后会急速排便，可能引起体内钠或钾等矿物质的平衡失调，进而引起贫血现象。

1、用咖啡灌肠可以有效的缓解肠炎以及清理肠道。咖啡灌肠所注入的咖啡，清洁了肛门附近左侧的大肠，此处为大肠最容易藏污纳垢、宿便最多及恶菌繁殖力最强的地方。2、可能会伤害肠壁，大肠专家新谷弘实并不赞同使用高压式的机器灌肠，认为此法让有大肠憩室的病患症状恶化，并可能会伤害肠壁。 3、水电解质紊乱。4、肠道菌群失调，肠道里面大量的微生物对于人体的消化吸收、抵抗外来病菌等很多方面，都起着极其重要的作用。