藿香正气水可以用于由于真菌感染引起的各种皮肤癣，药中的白芷、桔梗对抑制真菌有着较强的作用，用其可以直接涂抹于患处，每日1-2次，有条件每日多擦几次，会有很好的效果。疖分为暑疖和多发性疖病，属于内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，也认为是葡萄球菌感染所致。用棉签蘸藿香正气水一日多次涂擦患部，能散郁除湿治疗疖及疖病。