肾结核的主要诊断线索包括慢性膀胱刺激、无效抗生素治疗或尿路感染。经过有效的抗生素治疗后，细菌变为阴性，脓尿持续存在，或者脓尿或不明原因的血尿。然而，常见的细菌培养很多时候是阴性的。肾外结核尿检查和红细胞尿、男性附睾、精囊或前列腺发现硬结、阴囊伴慢性窦道是诊断线索。