手术切除可以选择，通常在局部麻醉下，发生于甲状腺的囊肿，如果逐渐增大，会出现气管受压，病人也会出现吞咽食物时明显的不适感，可以选择开放手术，或者是进行射频消融治疗等等，让囊肿逐渐萎缩，也可以在囊内注射硬化剂，促进囊壁的粘连。发生于实质性脏器的囊肿，常见的是肝囊肿、肾囊肿，如果病变小于5cm没有临床症状，也可以定期的随访和观察。