大多数患者的唇腭裂不仅有软组织畸形，而且有不同程度的骨组织缺损和畸形。进食及语言等生理功能障碍方面远比唇裂严重。唇腭裂具体的发病原因尚不清楚，唇腭裂的病因包括：1.遗传因素：与其他畸形伴发的属于基因突变、唇腭裂高发家族史；2.环境因素：母体怀孕期间患高血压、糠尿病等慢性疾病、或服用药物导致胎儿畸形。