小肠镜和肠镜的区别首先是检查的位置不一样，小肠镜检查主要检查回肠，而肠镜检查主要检查直肠和乙状结肠。另一个原因是检查的手法不同。小肠镜是胶囊内窥镜，就像胶囊一样的东西，吃下去之后能拍摄小肠内的情况，而肠镜是从肛门进入的一个带有摄像头的东西，检查起来比较痛苦。