小孩子百日咳的主要病因与两方面有关，第一个方面就是自身的感染，第二个方面就是被其他患者传染。自身感染就是指感染了百日咳杆菌，而且临床上百日咳杆菌为革兰阴性染色的短杆菌，结构是较为复杂的，毒性较强。被其他患者传染就是因为百日咳具有一定的传染性，会因为飞沫而相互传染，尤其是六个月以下的婴幼儿。