药物难治性癫痫的发病原因和普通癫痫是一样的。分为特发性和继发性。继发性癫痫的常见病因包括中枢神经系统感染、皮质发育不良、寄生虫感染、遗传代谢疾病、脑血管病等。8%-20%的红斑狼疮患者可发生癫痫发作。低甲状旁腺征患者癫痫发作的比例可达30%~50%。糖尿病也会引起癫痫发作。特发性癫痫的病因尚不清楚。它可能是由基因突变和某些先天因素引起的。