膀胱灌注化疗可能有一些副作用，如尿频、尿急和排尿疼痛，膀胱灌注时需要导尿，可能损伤尿道粘膜，造成肉眼血尿。有的可出现血尿，甚至尿路感染，仅膀胱灌注当天及灌注后1-2天比较明显，膀胱灌注化疗主要适用于膀胱肿瘤手术，常用的化疗药物有羟基喜树碱、卡介苗、阿霉素等。