早晨起床肚子疼有两个因素。1、早晨起床时不小心被冷空气中刺激到腹部。对这种情况不需要采取特别措施，只要保持腹部温暖即可，也可以吃生姜等温量的食物。2、除了冷空气的刺激外，前一天晚上吃得太少，导致胃空虚的话，胃酸会侵蚀胃壁，从而出现肚子疼等现象。