新生儿六指畸形大多数病例是由遗传因素引起的，具有代际遗传现象。此外，环境因素对胚胎发育的影响也可能导致胚胎发育，如药物、病毒感染和创伤、放射性物质的刺激等，尤其是现代工业污染可成为致畸因素，早期损伤肢芽胚基分化是引起六指病的重要原因之一。