主要的区别在于先天性肺囊肿比较常见，先天性肺囊肿和后天性肺囊肿并没有本质的区别，囊肿通常都是由于慢性炎症感染所引起的，但是先天性肺囊肿是由于先天性发育不全所导致的，需要及时治疗。轻度可以进行药物保守治疗，但是先天性肺囊肿需要选择手术治疗，避免病情恶化。