血管母细胞瘤可发生在中线结构附近，所以风险是很高的。例如小脑半球，脑干和脊髓，并且对于血管母细胞瘤的不同部位，手术方法也不同。对于小脑半球血管母细胞瘤最常见的部位，手术操作大致是：选择合适的手术方法，根据手术方法在头皮表面标记切口的大小和范围，然后用毛巾消毒患者。切开头皮，取下颅骨，然后切开硬脑膜，分离并切除成血管母细胞瘤。