卡氏肺囊虫肺炎主要的治疗措施是病原治疗，可以选择抗病毒药物进行治疗，重症患者可以使用糖皮质激素。由于本病是一种机会感染性疾病，主要见于免疫功能低下的患者，如艾滋病患者、器官移植患者，因此也要注重基础疾病的治疗。对于咳嗽、发热等一般肺炎症状，可以采取对症治疗，如化痰、止咳，退热、补液等。