肾盂输尿管连接部梗阻的治疗是解除梗阻。有很多方法可以解除障碍。例如，如果手术不能耐受，可以放置导管或造瘘。但如果情况允许，最好的办法是通过手术清除障碍物。手术选择有一定的依据，而不是肾盂输尿管狭窄。部分患者梗阻后会影响肾功能，导致肾盏、肾盂扩张，肾实质受压。