这种疾病主要通过被感染的采采蝇叮咬传播，还有其他方法可以让人感染昏睡病。在第一阶段，锥虫病会在皮下组织，血液和淋巴中繁殖。这被称为血淋巴阶段。会引起阵发性发热，头痛，关节痛和瘙痒；在第二阶段，寄生虫穿过血脑屏障并感染中枢神经系统，这称为神经期，通常不经治疗认为昏睡病致命的。