两种药物的副作用都不大。阿奇霉素为常用抗菌药物，其安全性较好，副作用少见。即使有副作用，大多数是轻度或中度和可逆的。比较常见的不良反应主要是胃肠道反应和皮肤反应。可表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、大便变稀、皮疹和瘙痒。部分患者使用克拉霉素会感觉到口腔异味，还会导致恶心、呕吐等胃肠道反应，个别患者可能会有一过性转氨酶升高，是比较常见的。部分患者可能有过敏症状，如荨麻疹或药疹。