引起新生儿睡觉后出现咳嗽的情况有很多种，如肺炎支原体感染、支气管扩张、上呼吸道感染等多种原因，如果是由于病毒感染引起的，可以给宝宝口服利巴韦林果，静脉滴注热毒宁来进行治疗。新生儿在睡着后收到了刺激性的气味，如烟味香水味也容易引起咳嗽的情况，应该新生儿在睡觉之后接触到过敏原。