全身麻醉对儿童的主要不良影响是脑效应，但只要儿童在麻醉期间不缺氧，麻醉剂对他们大脑的影响就可以忽略。有些药物有副作用，可能对儿童的肝、肾、心脏和其他器官产生不良影响。当需要使用它们时，小剂量可以分几次使用，以减少伤害。在临床实践中，应避免在短时间内小手术中使用副作用大的药物，在复杂手术中，如先天性心脏病手术，应选择性使用对儿童影响小的药物。