肛瘘主要是一种传染病，主要由细菌感染引起。常见原因包括饮食不当，如吃辛辣食物、过量饮酒或吃海鲜引起的腹泻。长期反复腹泻导致局部感染，蔓延至肛门周围并形成肛瘘。患者患有包括血液疾病在内的基础疾病，其免疫力和全身抵抗力下降。结核等传染病在感染结核分枝杆菌后会引起肛周病变。艾滋病等传染性性传播疾病可导致局部免疫力低下和肛周感染或病变。炎症性肠病如克罗恩病会导致肛瘘。