新生儿肺动脉高压的病因有很多，其中最常见的是原发性肺动脉高压，一种是继发性。继发性肺动脉高压多见于新生儿严重窒息，缺氧或早产儿新生儿肺透明膜病，部分先天性心脏病也可出现肺动脉高压。如果是二次治疗效果可能很好。但有部分肺动脉高压，尤其是持续性肺动脉高压，预后相对较差。