通常情况下，衣原体尿路感染一般潜伏期1到3周，男性通常感到尿路刺痛，瘙痒程度不等的尿痛以及灼烧感疼痛叫淋病。尿道口亦有红肿，通常有浆液性以及浆液脓性尿道分泌物。相比淋性尿道炎，分泌物稀薄而少。晨起时发现尿道口有白膜形成，而有的患者症状不明显，无任何症状，往往被误诊。而女性患者主要感染部位为子宫颈，尿道炎，症状并不明显，通常表现为急慢性宫颈炎或者宫颈糜烂，白带增多或者轻度排尿困难和尿频等一系列临床表现，未经治疗或者治疗不彻底，男性患者可并发急性附睾炎，前列腺炎以及尿道狭窄。男性同性恋患者可发生直肠炎或者咽炎等一系列典型表现情况。