右肝内胆管囊肿的原因之一就是先天性胰胆管交界部发育畸形。若是有胆道发育不良的问题，出现右肝内胆管囊肿的可能性也比较大。除此之外，这种情况的发生也有可能是病毒感染引起的。因此对于疾病要了解其相应的病因，采取对症方法予以治疗改善。