肛瘘手术可能导致肛门不完全失禁的后遗症。低位肛瘘是直接切开，彻底清除瘘管及其周围的坏死组织，创面全面放开以使引流通畅，因此，愈合后期由于瘢痕形成而影响肛门正常的约束力，导致肛门的不完全性失禁。高位肛瘘因穿过的肌层较多，如果直接切开开放，肯定会损伤肛门括约肌从而造成永久性的失禁，所以采用传统的挂线疗法，其实这种手术方法对肛门括约肌也可能产生或轻或重的影响，从而出现肛门不完全性失禁。因此，肛瘘的患者在术后及早进行提肛锻炼，是预防肛门不完全失禁的重要方法，因提肛运动一方面能恢复肛门括约肌的约束功能，另一方面也能促进瘢痕组织软化，恢复正常的肌肉约束力。
