第一，甲氨蝶呤可以引起胃肠道反应，主要表现就是口腔炎、口唇溃疡、咽炎、恶心、呕吐、胃炎以及腹泻的情况。第二，骨髓抑制。主要表现为白细胞下降，对血小板也有一定的影响，严重的时候可以出现全血细胞下降，皮肤以及内脏出血的情况。第三，大量一次应用可以导致血清的丙氨酸，氨基转移酶ALT明显升高，或者是药物性肝炎，小量持久可以导致肝硬化的发生。第四，可以出现肾功能的损害，出现血尿、蛋白尿、少尿、氮质血症甚至尿毒症的发生。第五，还可以出现脱发、皮炎、色素沉着以及药物性肺炎的发生。鞘内或者是头颈部动脉注射剂过大的时候、可以出现头疼、背疼、呕吐、发热以及抽搐的一些症状。另外在妊娠早期可以导致胎儿畸形的情况，所以一定要慎用。
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