肾结核的治疗包括一般治疗、抗结核化学药物治疗以及外科手术治疗。一般来说，抗结核药物治疗要早期、联合用药、适量、规律和全程使用敏感药物，做到彻底治疗。最常见的治疗失败的原因是治疗不充分。目前主要推荐使用短程治疗方案，总疗程6或9个月。如果有一侧肾脏病变严重，估计化疗不能消灭结核菌和恢复肾功能，而对侧肾功能无明显损害的患者；合并尿路梗阻的患者；肾血管受侵蚀，导致严重的尿路出血的患者需要手术治疗。肾脏切除前抗结核药应强化治疗4~8周；保留肾组织的手术和修复重建术，术前抗结核药化疗需3~6个月。

肾结核诊断除了检查尿常规、血常规，还应做B超、ct，了解肾脏病灶情况，另外，还要做一些特殊检查，如结核三项或在尿内找结核菌。肾结核病人检查时，一般医生会建议多做一些其它病灶，例如肺结核，如果肺内有病灶，应首先治疗肺结核，因为肺结核对病人影响更大，且治疗同时，肾结核也可以得到治疗，如果单治疗肾结核，会耽误肺结核，肺结核有传染性，会把结核菌传染到其他的地方，因此应多做检查。

肾结核一般没有传染性，因为通过尿液排出没有传染性，但肾结核的病人常常合并有其他一些地方的病灶。合并有肺结核、骨结核，或其他有破损的地方。例如有些病人合并有附睾结核，附睾结核局部破溃后，形成窦道，向外排结核菌，此时应做相应处理。肺结核通过呼吸道传播，骨结核时腰大肌形成脓肿，或破溃皮肤上出现结核性窦道，结核性窦道内有结核菌，这种结核菌出来后，建议患者把伤口做仔细处理，排出物是结核菌，坏死物，也应做相关严格消毒处理，如果不处理，这些结核菌有一定传染性。

如果病灶是结核性病灶，把整个肾脏都破坏，肾脏没有保留价值，或肾脏功能完全丧失，就需做手术切除。如果患者做肾切除之前，应做详细检查，例如做B超、ct、造影或肾图。通过各种手段确认肾脏功能，如果肾脏功能的确很差，且有坏死组织，没有保留价值，医生会告诉患者需做肾切除。切除一个器官对医生来说是一件很慎重的事情，所以做肾脏切除以前，会给患者做很多相关的检查，明确相关客观指标，确认肾脏丧失功能后，才会选择做肾切除。

肾结核手术前，患者使用抗结核药一般至少需要三个月。患者术前术后，都要用抗结核药，把结核菌彻底杀死，才是临床治愈，才可以停药。肾结核如果诊断明确，术前一般要求患者使用抗结核药治疗半年到一年。如果不用抗结核药，单纯做手术不安全。因为肾结核后，结核会通过肾脏播散到全身各个地方。如果体内有结核菌后直接做手术，手术中的操作会加重结核菌播散。吃药的目的是让体内抗结核药的浓度达到一定峰值。之后医生再清除体内形成的结核病灶，配合药物，结核才能从体内彻底清除。