慢性肾功能衰竭需要一体化的治疗。其中饮食治疗是慢性肾衰竭患者非常重要的措施，主要包括限制饮食中蛋白质、磷、脂肪和水钠的摄入，保证饮食中优质蛋白的摄入，并保证足够的热量，补充叶酸、水溶性维生素等。慢性肾衰竭患者除心肌功能障碍外常伴有容量超负荷，往往需要透析清除体内多余水分。对于高血压患者要控制血压，降压药物首选具有肾脏保护作用的药物，如血管紧张素转换酶抑制剂或血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂。慢性肾功能不全患者贫血的发生率较高，需要给予促红细胞生成素以及铁剂、叶酸等治疗。如果出现矿物质代谢紊乱和肾性骨病，则需要限制饮食中磷的摄入，控制高磷血症，纠正低钙血症以及补充维生素D治疗。

慢性肾功能衰竭可以针对原发病进行治疗，关注慢性肾衰竭的并发征分别的给予不同的治疗方案。慢性肾功能衰竭可以有多种原因疾病引起，就是慢性肾脏病，最终的话很多疾病都会像慢性肾功能衰竭的方向发展。原发病比如，慢性肾小球肾炎要积极控制血压，减少蛋白尿。糖尿病肾病要很好的控制血压、控制血糖、控制血脂。继发性肾小球疾病，比如狼疮性肾炎要很好的控制狼疮的活动，高血压肾损害要很好的控制血压。出现并发征，比如出现了肾性贫血，要积极纠正贫血，用促红素、用铁剂。出现了钙磷代谢紊乱，要纠正低钙、高磷的状态，比如，用一些含钙的磷结合剂或者非含钙的磷结合剂。出现甲旁亢，要根据钙磷的情况和甲状膀腺的水平，给活性维生素d的治疗。