头孢克洛总体比较安全，但也有一些副作用，最常见的就是消化道副作用，会引起患者出现腹泻、软便、胃部不适、食欲不振，或者是嗳气或者胃肠道的症状。另外一个偶尔有报道，会引起肾功能的损伤。
除此之外，个别的患者可能会出现一过性的过敏反应，比如患者会有偶发的瘙痒、皮疹、荨麻疹。还有一个副作用就是可能会有轻微的肝功能异常，有一部分患者可能会出现血清转氨酶的升高，可能是ALT也可能是AST，这部分患者大概是3‰左右。