当高密度胆固醇≤1.0mmol/L时，确定为高密度胆固醇偏低，原因包括生理性原因和病理性原因。
第一，生理性原因，常见于肥胖、吸烟、长期饮酒的人群，另外长期喜欢吃肉、烧烤、海鲜等食物的人，也可能会出现高密度胆固醇的轻度偏低。这是因为“没有管住嘴”造成的富贵病，高密度胆固醇偏低的同时，往往会伴有低密度胆固醇、甘油三酯的升高。生理性原因造成的高密度胆固醇升高，建议通过食疗和运动办法进行调理，建议多吃一些纤维素高的食物，如蔬菜、水果、燕麦、豆制品等，减少高脂肪、高胆固醇食物的摄入。
第二，病理性原因，高密度胆固醇高和一些疾病为因果关系，可以说高密度胆固醇偏低引起了这些疾病，如脑血管病、冠心病、高脂血症、糖尿病等。目前的研究表明，高密度胆固醇偏低是心脑血管疾病的重要危险因素之一。血脂四项中包括总胆固醇、甘油三酯、低密度脂蛋白胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇四个指标，脂质代谢在肝脏中进行，如果肝脏疾病可能会引起脂质代谢异常，如急慢性病毒性肝炎、酒精性肝硬化、原发性肝癌等，都可能造成高密度胆固醇偏低，低密度胆固醇升高。
目前大部分的药物都是针对低密度脂蛋白胆固醇的，可以降低低密度胆固醇的水平，但是升高高密度胆固醇的药物真不多，效果也不确切。所以高密度胆固醇偏低时，一般是以降低低密度脂蛋白胆固醇作为治疗靶点。