治疗前通常需进行全身麻醉，并服用袪泡剂，患者在医护人员指导下，正确摆放体位后，将牙垫置于口中，轻轻咬住并固定。治疗过程中避免吞咽口水，使其自口角自然流出。如出现恶心、呕吐、呛咳等症状，应尽量放松，并严格遵从医务人员指导，以便安全顺利的完成治疗。
准备就绪后，医务人员会经口缓慢导入内镜，明确病变部位后标记切除范围，若病变位于食管，进行碘染色。位于贲门区，进行碘和美蓝双重染色。位于胃或直肠，进行美蓝或0.1%-0.4%靛胭脂染色。应用微探头超声内镜，确定病变位于黏膜层。当病变位于黏膜层时，于病变黏膜下注射含美蓝的甘油果糖溶液，再用针式切开刀点出切除边界。
随后向病变所在部位黏膜下层，注射生理盐水，使病变部位隆起，待病变完全隆起后，沿标记点切开黏膜，逐步剥离并显露黏膜下层后，完整剥离并切除病变。治疗通常需要十五分钟至一小时，具体时间视病灶大小、位置不同，会有所不同。切除的病变组织随即会被送至病理科，经组织染色后在显微镜下进行观察。