长期使用眼药水的危害包括破坏眼表结构、引起耐药、抑制眼睛正常生理功能、造成眼部疾病等。
1.大多数眼药水除了含有治疗成分外，还含有防腐剂。如果经常滴眼药水，抗菌成分会损害眼睛表面的结构，产生刺激症状，所以需要长期使用眼药的患者最好选择不含有防腐剂的眼药。
2.导致耐药菌株的出现。抗生素滴眼液是最广泛使用的，包括用于细菌、病毒、真菌和衣原体感染。此类眼用药物应在医生指导下根据疗程开出，如盲目长期使用抗生素滴眼液会导致耐药菌株的出现。
3.抑制眼睛正常的生理功能。一般情况下眼睛生理情况下会分泌液体对眼睛进行润滑，如长期使用眼药水滴眼，会抑制眼部腺体的分泌，甚至导致腺体的萎缩。
4.保健眼药水中常含糖皮质激素，这类药物能抑制免疫机能，可能引起严重的感染甚至角膜穿孔，这类药物还可能引起激素性青光眼等严重后果。
所以应避免滥用眼药水，眼药水应在医生指导下使用。