牡蛎的功效有平肝潜阳、软坚散结、收敛固涩。
一、用于肝阳上亢、头晕目弦。本品咸寒质重，有类似于石决明之平肝潜阳作用，多用治水不涵木、阴虚阳亢、眩晕耳鸣之症，常与龙骨、龟板、牛膝等药物相须为用。以用于治热病日久、灼烁真阴、虚风内动、四肢抽搐之症，常与龟板、鳖甲、生地黄等药物相须为用。
二、用于痰核，瘰疬，癥瘕积聚等症。牡蛎味咸，软坚散结。用于治痰火郁结之瘰疬、痰核，牡蛎味咸，软坚散结。常与浙贝母、玄参等药物相配伍。
三、用于滑脱诸症。本品味涩，煅用有与煅龙骨相似的收敛固涩作用，治疗遗精、滑精、遗尿、尿频、崩漏、带下、自汗、盗汗等多种正虚不固，滑脱之证，并配伍相应的补虚及收敛的药物。
此外，煅牡蛎有收敛制酸的作用，可用于治疗胃酸、胃痛，与乌贼骨共研细末，内服有效。
关于牡蛎的禁忌：注意以打碎先煎，除收敛固涩作用外，其余的应该生用。