肛瘘手术2周以后，基本上就可以看到新鲜的肉芽生长，肛瘘手术后肛门部位处于污染创面，污染创面在伤口急性炎症期，会持续时间比较长，而急性炎症期，一般在肛门部位是1-2周，由于肛门的新鲜创面，而且很多时候创面是在开放状态，由于粪水的污染、排便的影响、炎症刺激，这种新鲜创面表面会先经过去腐生肌的过程，也就是临床上会看到早期肛门会有很多渗出物，会有坏死的组织，甚至会有黏液样、脓苔样的组织，这都是由于表面被粪水污染以后的现象，随着急性炎症期度过，2周以后肛门伤口渗出渗液，这种脓性分泌物就会大大的减少，然后可以看到肛瘘的创面，会出现比较新鲜的、鲜红的肉芽，这个时候就是肉眼可以见到的所谓的长伤口或者长肉，这个时候创面疼痛，分泌物的渗液量都会大大的减少，疼痛也减轻，而有的甚至会开始出现伤口长肉芽的轻微瘙痒症状，这都代表新鲜肉芽在生长，通常过了2周以后，这样创面就可能会出现长肉的现象。但如果肛瘘是在伴随脓肿的状态下完成的手术，这个过程可能就会延后，因为脓肿、坏死组织引流以及去腐生肌的过程，会变得延长，而且有些肛瘘手术需要做挂线，在肌肉深处的组织，坏死组织引流，时间可能会变得更长，但绝大多数肛瘘手术创面2周以后，会开始出现新的肉芽生长。

肛瘘如果长期不治疗会出现流脓流水，造成内衣裤的污染，从而引发细菌的增生，可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛门疾病。随着病情的进展，瘘管的严重程度越来越重，会造成复杂性肛瘘，而治疗难度增大，造成肛门失禁等一系列后遗症。严重影响患者的正常生活。并且浓液、粪便会污染内裤，会出现异味，也会导致外阴处出现感染。长期处于流血流脓的状态会造成体内铁的缺失，从而引发贫血造成头疼、头晕的毛病。随着病情的进展，可能会出现肛周癌变，甚至危及生命。

养成良好的生活习惯，避免不良的诱发因素，可以有效的预防肛瘘的发生。肛瘘造成的原因和不良的生活习惯有一定的关联性。例如：上厕所时看书、看报，造成下蹲或者是排便时间延长，经常的腹泻或者便秘，甚至排便不规律，长期饮酒，或者是喜欢吃辛辣刺激性食物的人群，以及结肠功能紊乱的人群，长期站立、久坐、肛周局部受凉等，肛肠疾病的发病率会上升。另外，良好的生活习惯，比如避免熬夜、避免身体抵抗力下降，会有利于身体的康复，避免肛周脓肿的出现。同时也要注意保持肛门周围的清洁卫生，防止肛周细菌的感染形成肛周脓肿进而导致肛瘘。

如果对肛瘘采取保守治疗的话可以先用抗生素控制炎症，然后在肛瘘的口外敷药膏促进愈合，要休息防止腹泻的发生减少大便对瘘口的刺激，小的肛瘘能愈合的。另外祖国医学中治疗肛瘘的方法可以借鉴，根据辨证论治加以治疗。建议要注意个人卫生，勤洗内痔，保持肛瘘部的清洁。饮食上多吃一些富含丰富维生素和纤维素的食物，不吃油腻食物和辛辣刺激性食物，这样才有助于患者病情的康复。患者平时的时候就要特别的注意调理自身的这个排便，尽量的去保持大便通畅，防止腹泻或便秘的产生，因为只有这样才可以减少粪便对肛瘘内口的刺激促进愈合。如果保守治疗效果不明显，可能需要及时去医院就诊采取手术治疗，必要时需要专科进行诊治。

肛瘘手术大概20天到30天左右可以恢复，也是因人而异的。注意术后要在医生的指导下合理的饮食，少吃辛辣的食物，不能便秘，也不能拉肚子，经常拉肚子伤口就会很脏，如果便秘，排便用力过度，可能导致血管破裂，术后伤口会出血。换药也是非常重要的，一般要隔两三天到做手术的医院去换药治疗，最好是医生换药，以便了解瘘管、瘘道形成的有多深，手术的范围有多大。要休息一周左右，因为做完手术可能要长期坐着或站着工作，伤口就会有点不适。有的人觉着伤口很疼痛，影响恢复的时间。肛瘘的恢复期在15天到20天左右，这也是因人而异的。有的人伤口创面很大，恢复的时间可能很慢。有的人伤口创面很小，是很简单的低位肛瘘，有可能一周就恢复了。还要看自己的工作时间的长短，休息时间的长短。