效率高、效果好是阴道超声检查的优点，阴道超声检查的缺点是由于分辨率较高，会降低探测深度，远场的显示效果欠佳。
阴道超声检查的优点主要有以下几点：
一、经阴道超声为妇科超声检查提供了很好的检查途径，使妇科肿块、宫腔及宫内的病变、异位妊娠比经腹更能明确诊断，提高了诊断率；经阴道超声的探头频率比经腹常用的探头的频率、分辨率高，图像质量更加清晰。
二、不需憋尿，无需等待，为患者争取时间，减少憋尿的痛苦。
三、肥胖病人更适合经阴道超声检查。超声探头紧贴宫颈，无需经过腹部较厚的脂肪和各层组织，声束吸收少，图像较腹部超声更加清晰。
四、对于子宫、卵巢、输卵管及盆腔的细微病变显示明显优于经腹超声。例如宫腔内子宫粘膜下肌瘤和内膜息肉的鉴别、宫颈肌瘤和宫颈癌的鉴别、子宫内膜癌是否累积肌层、卵巢内细小病变都能很好的显示。
五、早期诊断未破裂型宫外孕明显优于经腹超声。
六、经阴道超声引导下穿刺不仅可以用于取卵，还可以用于卵巢囊肿、盆腔肿块的穿刺等。
对于子宫较大的肌瘤、多发肌瘤、蒂较长或位置较高的肿物，阴道超声检查难以显示全貌，因此此类患者需要经腹和经阴结合扫查才能更好的明确诊断。