流产的最佳时间一般是在停经49天以内，也就是从末次月经第一天开始计算49天以内，这段时期是药物流产比较好的时间。
另外还要结合超声的检查，在超声下宫腔内的胎囊的直径在2厘米以内，时间也是药物流产比较合适的时间。为什么药物流产要规定在49天以内，由于药物流产是通过米非司酮和米索前列醇两种药物的作用，使胚胎自然排出体外的过程。
米非司酮是孕激素受体拮抗剂，米索前列醇是前列腺素类的制剂，通过米非司酮的杀胎作用使胚胎在宫腔内死亡，然后米索前列醇促进子宫收缩，将胚胎排出体外，对子宫的损害是比较小的。但是由于米非司酮结合米索前列醇，只能对胚胎杀死的作用是靠自然排出体外的过程，因此如果是胚胎较大，尤其是在49天以上的胚胎，有可能会造成胚胎的部分残留或者是蜕膜组织的残留，往往情况表现为流产术后阴道出血量较多或者HCG的水平持续不降。如果是不全流产病人会出现大量的出血，同时会出现宫腔的感染，因此药物流产要限制在49天以内，避免宫腔残留的发生。