目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

如果卵巢巧克力囊肿已经破裂，建议应该立即进行手术，将破裂的囊肿切除，并且在术中尽量清洗盆腔，主要的目的是将盆腔内的破碎的囊液全部清洗干净，避免具有活性的子宫内膜移位的细胞，种植在其他的脏器上，以免引起盆腔的内膜异位症。建议患者在术后应该给予达菲林治疗半年，避免囊肿的复发。另外也可以在宫腔内放置曼月乐环，主要的目的使子宫内膜萎缩，从而达到治疗子宫内膜异位症的目的，避免卵巢巧克力囊肿复发那么，此类患者在术后一定要进行定期的复查，每半年做一次超声检查。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，它是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，而随着月经周期子宫内膜会发生脱落出血，从而形成卵巢巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。这种囊肿在临床上表现为双侧卵巢都可以发现，严重者可以导致盆腔输卵管的粘连，甚至引起不孕症的发生，而卵巢囊肿来源则较多，比如常见的有上皮性的卵巢囊肿，浆液性的卵巢囊肿、免疫性的卵巢囊肿、生殖细胞瘤，性索间质细胞瘤、转移性肿瘤等等，良性恶性或者是交界性的卵巢肿瘤。卵巢囊肿一般是在腹腔中比较轻，活动度较好，而不像巧克力囊肿，可以导致盆腔广泛粘连，这是最主要的最大的区别。

目前在临床上，对于卵巢巧克力囊肿的治疗方式主要包括两种，第一种是腹腔镜下的手术治疗，第二种是开腹手术治疗。开腹手术治疗可以进行卵巢囊肿的剥除，附件的切除；而腹腔镜也可以进行这些手术。对于卵巢囊巧克力囊肿的患者，如果有生育要求，而且年轻的女性，尽量要进行腹腔镜下或者是开腹手术下巧克力囊肿的剥除术，要保留其卵巢和输卵管。对于没有生育要求或者绝经后的女性，则可以考虑进行患侧的输卵管、卵巢的切除手术等。女性在平时的日常生活中应该多休息，注意腹部的保暖。而采用腹腔镜手术，具有以下的优点，手术创伤小，病人术后恢复较快，住院时间短，而且术后切口瘢痕较小，美观的特点。

卵巢巧克力囊肿能根治吗？首先，我们应该知道。这个卵巢巧囊肿是什么性质的？如果是说卵巢的子宫内膜异位囊肿，或者是卵巢的浆液性囊腺瘤或者粘液性囊腺瘤伴随囊内出血造成的卵巢巧克力囊肿，那么在处理的时候，如果说单纯把囊肿剥掉，从正常的卵巢组织上，单纯的把囊肿剥掉，只能说我这一次我把卵巢的囊肿给它剥掉了，算是治疗了，但是留着正常卵巢组织就有可能还会复发，真正的根治就是把卵巢切掉，如果说这个患者已经绝经了，卵巢已经没有分泌雌性激素水平的这种功能了，那么我切除卵巢，我可以达到根治的效果，但是如果这个患者还是生育年龄的妇女，卵巢还有分泌雌性激素，对于她的内分泌有非常重要的影响，这个时候我就不能去做根治性的手术，因为我们还要权衡患者的利弊，如果说我真的把卵巢完全切掉了，虽然囊肿根治了，但是伴随着患者出现了其它一些更年期的症状，可能要比卵巢巧克力囊肿对患者的影响更大。