巧克力囊肿会导致盆腔结节的，这往往是由于巧克力囊肿是子宫内膜移位症的一种特殊类型，它是指具有生长功能的子宫内膜、腺体或者间质侵入卵巢组织所引起的卵巢囊肿。这种囊肿如果长期发展得不到控制，与移位的内部有可能种植到盆腔，就会引起盆腔移位结节，严重者会导致盆腔部位产生包块。出现此种情况时，患者有可能会出现性交后疼痛加重，平时会出现腹部疼痛，严重者会影响工作和生活，而且对女性的月经影响也会很大，还有可能因此会引起不孕症的发生。

卵巢巧克力囊肿会引起不孕症的，是因为移位的子宫内膜组织侵入到了卵巢，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种移位病灶会破坏女性盆腔的卵巢组织以及盆腔周围的环境，同时还会影响女性输卵管的功能，从而影响输卵管的蠕动，引起不孕症的发生。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表示，同时也可以存在子宫腺肌症，它会破坏卵巢功能影响排卵，也会改善盆腔的环境，使盆腔的微循环发生改变，导致受精卵不能成形成，输卵管无法输送受精卵会引起不孕症的发生。而且盆腔内存在大量的异位内膜，会影响女性的免疫功能，刺激机体产生子宫内膜抗体，从而破坏子宫内膜的正常功能，导致不孕症的发生。

对于巧克力囊肿的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重，那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗，比如常用的布洛芬缓释胶囊，或者是吲哚美辛。同时对于有生育要求的女性，在巧囊不是特别大时，可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。如果女性因为巧克力囊肿已经出现破裂，那这时就需要考虑行急诊开腹手术治疗。

巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。