感染性心内膜炎的治疗，主要包括抗生素的应用和外科手术治疗两方面。
感染性心内膜炎是指由细菌、真菌、病毒、立克次体、衣原体、支原体等，直接感染心脏瓣膜，形成病内膜，或者临近了大动脉内膜，并伴有赘生物的形成的炎症性反应，感染心内膜炎的治疗。
抗生素的应用治疗心内膜是最重要的措施。选择抗生素要根据致病菌培养结果，或者对抗生素的敏感性，疗程要足够长，力求治愈。一般为4~6周，对临床高度怀疑本病，还需要培养访问阴性者，可凭经验按照肠球菌金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量青霉素、氨基糖甙类药物治疗2周，同时做血培养和血清学检查，除外真菌支原体、立克次体引起的感染，若无效，改用其他杀菌药，如万古霉素和头孢菌素。
感染心内膜炎复发时应再治疗，治疗过程适当延长。以下种情况也考虑手术治疗：
一、瓣膜穿孔破裂、腱索断裂、发生难治性心力衰竭。
二、人工瓣膜置换术后感染内科治疗不能控制。
三、并发细菌性动脉破裂，或者四支大动脉栓塞。
四、先天性心脏病发生感染性内膜炎，经系统治疗仍不能控制时，手术应该加强支持治疗和抗生素控制下尽早进行。