子宫内膜异位症治疗方式、方法选择要根据患者的临床症状、年龄以及有没有生育要求来决定，治疗方法有药物治疗、手术治疗。药物治疗有一定局限性，临床上不存在最好的药物，任何药物或多或少都有副作用。
疼痛明显、有生育要求、不合并不孕、没有附件包块的或者接近绝经没有包块患者，首选药物治疗。对于有较大的卵巢内膜异位囊肿患者，特别是卵巢包块性质不能明确的，不适宜采用药物治疗，需要采用手术治疗。
任何药物在选择之前都要了解药物的性能，每一种药物都存在一定的风险：
1、一线类药物，包括非甾体类抗炎药，比如布洛芬，长期服用会造成胃肠道反应，偶尔有肝肾功能异常，所以长期选用需要警惕胃溃疡的可能。
2、连续口服短效避孕药是治疗内异症的另外一种方式。服药需要6至9个月，期间不停药，副作用主要有恶心、呕吐，血栓高危因素的人有形成血栓的高风险。
3、高效合成孕激素，副作用主要恶心、轻度抑郁、水钠潴留、体重增加。目前临床上应用的含有促性腺激素释放激素激动剂，这类药物药价较高，使用方法每28天皮下注射一次，连用3至6次，应用期间会出现潮热、阴道干涩、性欲减退、骨质疏松等绝经相关症状。
4、宫内放置左炔孕酮缓释系统，另外一个名字叫曼月乐环，放置前半年有可能阴道淋漓出血，半年以后月经不再来潮。