激光祛斑也有一定的副作用，会损伤周围的软组织形成附带性的创伤，处理不当还会继发感染。
激光祛斑的主要原理是通过激光的高热作用，对于患者色斑的黑色素颗粒产生破坏，破坏后的黑色素颗粒可以通过皮肤自身组织的代谢逐渐的代谢掉，或逐渐的吸收，最终达到治疗目的。但激光治疗由于高温高热的作用，会损伤到治疗组织的周边软组织，有时会形成附带性的创伤，所以有的人会出现局部的软组织肿胀，甚至是出现炎症反应。特别是激光后由于处理不当会继发感染，比如出现细菌感染而造成局部的炎症性的渗出，甚至是肿胀以及化脓等现象。
激光治疗后需及时注意局部皮肤的护理，要注意局部的清洁卫生，如果一旦有感染的征象，需及时进行抗感染治疗。另外，激光所治疗色斑也并不是百分之百都非常有效，有患者经过治疗后也有复发性，又形成色斑，是需进行激光治疗，甚至有的人对于后期的激光治疗根本就起不到明显效果。如果患者出现各种色斑，可以考虑多种方法进行综合治疗，不一定完全依赖于激光进行治疗。比如可以采用中医、中药的办法进行调理治疗，或采用外用药物配合治疗等。