头皮毛囊炎可以适当的外涂抗生素类的药膏，口服罗红霉素或者阿奇霉素，也可以口服多西环素或者美满霉素等，在平时的生活饮食上要注意海鲜、辛辣刺激类的食物等等都不要吃，也可以口服抗真菌药物。
头皮部位如果出现了毛囊炎，通常情况下根据毛囊炎的具体表现再进行针对性治疗。如果毛囊炎是由于细菌感染导致，形成局部的毛囊一致性的、炎症性的丘疹，伴有明显疼痛，通常情况下可以外涂夫西地酸乳膏或者莫匹罗星乳膏，也可以外涂鱼石脂软膏或者碘伏起到消毒的作用。同时需要口服抗生素进行治疗。
但是也要注意局部的毛囊部位不要挤压，当然如果这种毛囊炎并不是由于细菌感染导致，比如由于真菌感染导致炎症，通常情况下是马拉色菌感染而形成的马拉色菌性毛囊炎主要是进行抗真菌治疗，局部的可以使用复方酮康唑乳膏进行外涂治疗。也可以使用洗剂外洗，比如使用复方苦参洗剂外洗或者使用复方酮康唑香波洗头有消炎和抗感染的作用。如果毛囊炎仍然不能够缓解，或者反复发作，也可以口服抗真菌药物，比如口服伊曲康唑等。