肠胃炎引起发烧时需要进行比较广谱的经验性抗生素治疗，超过38度5及以上者，还需要根据病情积极的埋退温退烧治疗，如补液盐补充糖分、营养支持治疗、有益菌群治疗等。
肠胃炎是否引起发烧，得需要根据病情来定，一般细菌性肠胃炎，比如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌或者是大肠埃希氏菌属，患者除会引起恶心、呕吐、腹泻外，还会合并有发烧。而病毒性肠胃炎，比如轮状病毒，或者是诺瓦克病毒，很少引起发烧。如果细菌感染引起发烧，在疾病的初始阶段就要给比较广谱的经验性抗生素治疗，此时一般给予头孢类或喹诺酮类的药物。
当然老人和孩子的需要注意相关用量以及禁忌症，然后再患者的呕吐或腹泻的样本中进行病原学的检测，并且同时进行药敏检测，待到2至3天后，药物的敏感性试验报告出来后，再调整药物，根据药敏学试验做诊断以及治疗。而如果患者体温比较高，超过38度5及以上，除积极的抗生素治疗外，还需要积极的退温退烧治疗，当然基础的综合治疗，包括补液盐补充糖分、营养支持治疗，还有在疾病的后期可以给肠道的有益菌群治疗，比如培菲康、乳酸菌素片等。