在临床上没有肛肠囊肿一说，只有肛肠脓肿，所谓的肛肠脓肿是指坐骨直肠肛管周围软组织感染所形成的。肛周脓肿根据其疾病的急骤，或者说疾病的快慢通常分为直肠肛管周围间隙感染脓肿期或者说肛周脓肿以及肛瘘。肛周脓肿通常是直肠肛管周围间隙感染的急性期。而肛瘘作为直肠肛管周围间隙感染慢性期。对急性期来说，通常表现为肛周部红肿疼痛，甚至会伴有畏寒发热等全身症状。
治疗上一般来说需要及时的抗生素治疗。同时对脓肿形成需要及时的行脓肿切开引流，必要时置管持续负压吸引，对于肛瘘形成由于属于慢性期，迁延不愈，在临床治疗上，一般来说，控制感染，同时需要肛瘘挂线。才能够获得治愈，而对于复杂性肛瘘通常需要。行两次以上的才有可能获得治愈。