目前临床上对于卵巢巧克力囊肿，如果小的时候或者是囊肿的大小在五厘米以下，可以暂时不用考虑手术治疗，可以先尝试用中医中药来进行治疗，也可以选择某些中成药来控制囊肿的生长。但是如果中药治疗效果不理想，可以在医生的指导下给予促性腺激素释放激素，来从中枢上控制激素的水平，从而使月经停闭达到抑制子宫内膜活性以及生长的目的，从而使卵巢巧克力囊肿得到治疗。但是这种治疗是有一定的副作用的，往往用药三个月以后患者会出现潮热、出汗、心烦、失眠等植物神经紊乱、更年期的症状。当停药几个月后，子宫内膜又会重新生长卵巢功能重新建立，又会来月经那么移位的病灶有可能重新复发。

巧克力囊肿和多囊卵巢综合症是由本质上的区别的。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症，它是子宫内膜异位症的一种特殊的类型，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，所以引起的卵巢囊肿。而多囊卵巢综合症本身很复杂，它是由于妇科内分泌异常，以及机体全身代谢性异常所导致的一种综合病症。多囊卵巢综合症在临床上主要表现为女性的月经不调、月经稀发甚至闭经、激素水平紊乱，多毛痤疮，从而影响怀孕，导致卵泡不发育，排卵障碍；而巧克力囊肿的排卵功能以及月经情况，大多数的患者都是正常的，所以二者之间是有本质上的区别。

巧克力囊肿的诱发原因，一般就是子宫内膜异位症引起。另外，卵巢浆液性囊腺瘤或黏性囊腺瘤也可诱发。为什么会得巧克力囊肿，首先得知道巧克力囊肿实际是长在卵巢上的一个囊肿，但囊内液是那种巧克力的颜色。一般来讲，巧克力囊肿常常是因为卵巢的子宫内膜异位症造成，正常的子宫内膜异位到了卵巢的表面，每个月月经出血时也出血，时间长了以后就会形成咖啡色的咖啡色样的囊肿。这个囊肿会伴随月经的周期越来越大，甚至最后会发生破裂。除卵巢的子宫内膜异位症以外，还有卵巢的浆液性囊腺瘤或者是黏性囊腺瘤，也可能伴随囊内出血会出现咖啡色的液体。把液体抽出来时发现也是巧克力颜色。这个时候到底是什么样的囊肿，还需要把剥离出来在显微镜下观察，才能知道到底是什么原因造成，然后才能够去对症的去处理。总而言之，为什么会得巧克力囊肿，要知道是什么原因造成，更多的是卵巢的子宫内膜异位症或者是浆液性、黏性囊腺瘤的囊内出血。但为什么会得，这个原因目前还不清楚，还需要广大的医务工作者再进行深入探讨才能找到具体的原因。

巧克力囊肿可能会导致患者出现不孕症、腹痛、腰酸胀坠痛、肛门下坠、性交痛的症状。一般来讲卵巢的巧克力囊肿常常是因卵巢的子宫内膜异位症引起的。卵巢的子宫内膜异位症是子宫内膜异位症的一种类型。子宫内膜异位症将近有40%到50%的患者表现为不孕症，除了不孕以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时会发生破裂，那么就会造成严重的腹痛，在这个时候患者应该紧急到医院就医，进行紧急的处理。除了腹痛以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时，也会造成一些压迫的症状，患者会感觉有腰酸胀坠痛甚至有肛门下坠感，还有一部分患者会伴随有性生活不适，出现性交痛。总而言之，一般来讲卵巢的巧克力囊肿，当它小的时候常常可能会导致是不孕，当它大的时候可能会伴随有腹部的不适有压迫症状，它如果黏连比较重的时候，甚至会可能造成患者的性交痛。

卵巢巧克力囊肿能根治吗？首先，我们应该知道。这个卵巢巧囊肿是什么性质的？如果是说卵巢的子宫内膜异位囊肿，或者是卵巢的浆液性囊腺瘤或者粘液性囊腺瘤伴随囊内出血造成的卵巢巧克力囊肿，那么在处理的时候，如果说单纯把囊肿剥掉，从正常的卵巢组织上，单纯的把囊肿剥掉，只能说我这一次我把卵巢的囊肿给它剥掉了，算是治疗了，但是留着正常卵巢组织就有可能还会复发，真正的根治就是把卵巢切掉，如果说这个患者已经绝经了，卵巢已经没有分泌雌性激素水平的这种功能了，那么我切除卵巢，我可以达到根治的效果，但是如果这个患者还是生育年龄的妇女，卵巢还有分泌雌性激素，对于她的内分泌有非常重要的影响，这个时候我就不能去做根治性的手术，因为我们还要权衡患者的利弊，如果说我真的把卵巢完全切掉了，虽然囊肿根治了，但是伴随着患者出现了其它一些更年期的症状，可能要比卵巢巧克力囊肿对患者的影响更大。