系统性红斑狼疮的病因其实是多方面的，最直接的病因是自身免疫系统的紊乱。所谓自身免疫系统的紊乱可以说是“自家人不认识自家人了”，就是你自身的免疫系统会攻击你自己身体正常的组织和器官，造成身体和组织器官的发病。但是造成自身免疫系统紊乱的原因有很多，一方面有家庭的遗传因素，比如你的直系亲属或者是父母或一级亲属有系统性红斑狼疮或其他免疫病，可能你得系统性红斑狼疮的可能性就会增加。
另一方面可能也跟环境还有精神各方面的心理等有关，比如长期处于焦虑、操劳、睡眠不佳的环境，或是日晒都有可能是系统性红斑狼疮的诱因，但是这些环境因素，心理和身体的因素可能都只是红斑狼疮的诱因，最根本的原因还是遗传因素，遗传可以占一大部分。
所以红斑狼疮总体的发病可以总结成一句话，可以说是你的基因装上了“子弹”，但是环境的因素扣动了“扳机”，最后造成红斑狼疮的发病。