丘脑和下丘脑是两个不同的解剖结构。丘脑，是间脑中最大的软圆形灰质核团，位于第三脑室的两侧，是最重要的感觉传导，传导全身的感觉。下丘脑是位于丘脑沟以下，形成第三脑室下部的侧壁厚底部，它是植物神经的上游中枢，连接边缘系统网状系统，同时作用垂体内分泌系统。
两者作用也不相同，丘脑主要是调节神经活动，如温度、感觉等；而下丘脑在人体中主要是调节内分泌系统，如垂体的激素释放功能等。两者是完全不同的，但是又有一定的相互作用，丘脑能够通过神经调节下丘脑的分泌作用，因此不能弄混。