一般来说在临床上，这两种药物是可以在一天内服用的，但是服药顺序有先有后，如果患者确实有相应的症状，是可以在医师指导下，服用这两种药物的。
建议患者先口服蒙脱石散或者是饭前，或者是空腹进行服用，然后在应用藿香正气水口服，因为，蒙脱石散可以吸附一些其他药物的有效成分，导致其他药物的有效成分，不能完全释放出来，从而可能会在一定程度上影响其它药物的有效成分的发挥。
另外，如果患者应用这两种药物，建议患者应当至少间隔一到两个小时左右，如果患者应用这两种药物，腹泻仍然不能够得到缓解，需要去正规综合性医院就诊，建议在医师指导下完善一些相关化验检查，必要时需要进行补液或者是应用一些抗菌药物，或者是活性菌制剂来进行治疗。
